Gesundheitsförderung Schweiz fördert ab 2018 in enger Zusammenarbeit mit dem Bundesamt für Gesundheit die Prävention in der Gesundheitsversorgung: Bis 2024 finanziert die Stiftung Projekte in den Bereichen nichtübertragbare Krankheiten, Sucht und psychische Gesundheit mit 5 Millionen Franken pro Jahr. Diese Projekte sollen neue, verbesserte Ansätze und Praktiken aufzeigen, um präventive Angebote in die Gesundheitsversorgung einzubauen. Diese Angebote richten sich an Personen, die bereits erkrankt sind oder ein erhöhtes Erkrankungsrisiko aufweisen: Sie fördern die Gesundheitskompetenz und erhöhen die Lebensqualität der Patienten. Ab dem 8. Januar 2018 nimmt Gesundheitsförderung Schweiz Projektanträge entgegen.